Trong thế kỷ 13, Gia tộc Bắc Fujiwara (Hokke) đã bị phân chia thành năm gia tộc nhiếp chính: Konoe, Takatsukasa, Kujō, Nijō và Ichijō.

Họ đã có một "đặc quyền" cho các chức vị sesshō và kampaku, và lần lượt phục vụ theo thời gian. Quyền lực chính trị đã chuyển từ giới quý tộc của triều đình ở Kyoto sang tầng lớp chiến binh mới ở nông thôn. Tuy nhiên, các hoàng tử có nguồn gốc Fujiwara vẫn là các cố vấn, nhiếp chính và thượng thư thân cận đến các Thiên hoàng trong nhiều thế kỷ, thậm chí cho đến thế kỷ 20 (Hoàng tử Konoe và Hosokawa Morihiro). Như vậy, họ có một quyền lực chính trị nhất định và nhiều ảnh hưởng, thường là các chiến binh và sau đó là chế độ Mạc phủ đối địch tìm kiếm liên minh của họ. Oda Nobunaga và em gái Oichi xuất thân từ các gia tộc Taira và Fujiwara; nhiếp chính Toyotomi Hideyoshi và shogun Tokugawa Ieyasu có quan hệ hôn nhân với gia tộc Fujiwara. Hoàng hậu Shōken, vợ của Thiên hoàng Minh Trị, là hậu duệ của gia tộc Fujiwara và, qua Hosokawa Gracia, thuộc gia tộc Minamoto.

Cho đến khi cuộc hôn nhân của Hoàng tử Hirohito (Hoàng đế Shōwa) đến Công chúa Nagako của Kuni (sau khi chết Empress Kōjun) vào tháng 1 năm 1924, các lãnh tụ chính của hoàng đế và hoàng tử luôn được tuyển dụng từ một trong những Sekke Fujiwara. Các công chúa hoàng gia thường kết hôn với các lãnh chúa Fujiwara - ít nhất là trong một thiên niên kỷ. Gần đây là con gái thứ ba của Hoàng đế Shōwa, cựu công chúa Takanomiya (Kazoku), và con gái lớn của Hoàng tử Mikasa, cựu công chúa Yasuko, đã kết hôn với gia đình Takatsukasa và Konoe, tương ứng. Tương tự như vậy, một cô con gái của shōgun cuối cùng đã kết hôn với người em họ thứ hai của Hoàng đế Shōwa.

Cho đến cuộc hôn nhân của Thái tử Hirohito (Thiên hoàng Shōwa) với Công chúa Nagako của Kuni (thụy hiệu Hương Thuần Hoàng hậu) vào tháng 1 năm 1924, các phối ngẫu chính của Thiên hoàng và thái tử luôn được tuyển chọn từ một trong những thành viên của gia tộc Sekke Fujiwara. Các công chúa hoàng gia thường kết hôn với các lãnh chúa Fujiwara - ít nhất là trong một thiên niên kỷ. Gần đây là con gái thứ ba của Thiên hoàng Shōwa, cựu công chúa Takanomiya (Kazoku), và con gái lớn của Hoàng tử Mikasa, cựu công chúa Yasuko, đã kết hôn tương ứng với người từ các gia tộc Takatsukasa và Konoe. Tương tự như vậy, một cô con gái của shōgun cuối cùng đã kết hôn với một người em họ khác dòng của Thiên hoàng Shōwa.